Présentation des axes prioritaires


Axe 1 – Infectologie

En dépit d’immenses progrès dans la prévention, le traitement ou l’éradication des maladies infectieuses, force est de constater que des pathogènes majeurs restent prééminents dans les populations humaines et animales, et que de nombreuses maladies infectieuses ont émergé ou ré-émergé ces 30 dernières années. Ces maladies d’origine virale, bactérienne, parasitaire ou fongique représentent un problème majeur de santé publique qui est directement responsable de plus de 17 millions de décès par an dans le monde. En France, les maladies infectieuses sont la troisième cause de mortalité avec une moyenne de 30 000 décès par an.

Des avancées scientifiques importantes ont permis l’identification de nouveaux micro-organismes pathogènes et de les reconnaître comme agents étiologiques de maladies dont les causes étaient jusqu’alors inconnues. Il est maintenant reconnu que les micro-organismes sont inoffensifs dans la plupart de leurs hôtes habituels, mais peuvent provoquer de graves maladies en changeant d’hôtes.

Il importe donc de mieux connaître la grande diversité du monde des micro-organismes, leur génétique, leur écologie, les différents facteurs qui façonnent leur transmission à l’homme et leurs caractéristiques physico-chimiques. Ces connaissances permettront de comprendre les mécanismes de leur propagation, les bases de leur pathogénicité dans leurs hôtes ou dans les modèles animaux appropriés, et d’étudier comment leurs hôtes répondent à l’infection, la contrecarrent ou s’y adaptent.

La démarche concerne non seulement les menaces biologiques naturelles qui peuvent aller jusqu’à des pandémies ou des epizooties, mais aussi les menaces provoquées, notamment dans le cadre du bio-terrorisme.

Comme il l’a été montré dans le sillage des grandes infections virales chroniques, la mise en place de programmes de recherche interdisciplinaires poussés dans ces différents domaines fondamentaux est une source d’innovation en matière de lutte contre les agents infectieux.

La région Rhône-Alpes dispose d’atouts considérables dans le domaine de la recherche et de l’innovation en infectiologie avec, d’une part, un excellent tissu académique, diversifié et complémentaire, dans différents aspects de cette discipline et, d’autre part, une structuration originale du tissu industriel concerné.

Les recherches en infectiologie induisent un développement économique évident qui concerne, en premier lieu, l’activité des grandes entreprises pharmaceutiques. Ce développement se décline aussi à travers des collaborations et partenariats entre industriels et laboratoires de recherche publique. De même, il sous-tend la création de jeunes sociétés de biotechnologies ainsi que des PME/PMI dont le nombre dépasse la centaine dans la Région.

A l’évidence, l’infectiologie, sous ses différents aspects, constitue un axe prioritaire de l’ARC “Santé”.

Axe 2 – Cancérologie

Chaque année, à travers le monde, 5,3 millions d’hommes et 4,7 millions de femmes développent une tumeur maligne et 6,2 millions de personnes décèdent d’un cancer.

Avec 800 000 nouvelles personnes concernées par an, le cancer est devenu la première cause de mortalité en France et, pour la seule région Rhône-Alpes, le cancer représente 28 000 nouveaux cas par an et 12 500 décès. Ainsi, cette pathologie constitue l’un des enjeux humains, socio-économiques, médicaux et scientifiques majeurs en ce début de XXIème siècle. En France, les conséquences sociétales de ce fléau ont conduit à l’élaboration de deux Plans Cancer au cours de ces dix dernières années. Ces Plans Cancer ont eu pour objectifs de garantir une prise en charge d’excellence pour les patients, de développer la recherche et les actions de prévention, et de promouvoir les applications des dernières avancées diagnostiques et thérapeutiques vers la clinique.

Les principaux cancers étudiés dans la Région sont les cancers du sein, du poumon, du foie ainsi que les sarcomes de l’adulte et de l’enfant, les hémopathies de l’adulte et le neuroblastome.

La recherche en cancérologie dans la Région Rhône-Alpes s’est fortement structurée sous l’impulsion du Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes (CLARA) qui rassemble, en un réseau unique, chercheurs et cliniciens, basés principalement sur Lyon, ainsi qu’à Grenoble, Saint-Etienne et Clermont-Ferrand, avec des industriels et des entreprises. L’objectif est de promouvoir des programmes de recherche ambitieux et novateurs pour un transfert rapide des connaissances vers la pratique médicale au bénéfice des patients et de favoriser une stratégie de valorisation économique de la recherche. Les thèmes des programmes s’articulent sur des points forts de la communauté scientifique de la Région comme l’ « Echappement Tumoral », les « Infections et Cancer » et les « NanoTechnologies et Imagerie », et soutiennent l’émergence des initiatives comme l’ « Environnement et Nutrition » et l’ « Evaluation, Perception et Prévention des Risques» associées aux cancers.

Les recherches sur le cancer à Lyon sont particulièrement développées sur le thème de l’échappement tumoral, notamment au Centre Léon Bérard (CLB), aux Hospices Civils de Lyon (HCL), à l’INSERM et à l’Université Claude Bernard-Lyon 1 (UCBL1) qui ont créé un Réseau Thématique de Recherche et de Soins (RTRS) et qui participent à la Fondation Synergie Lyon Cancer. Les nombreuses équipes de recherche de Lyon se sont fédérées pour former le Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL). De même à Grenoble, l’initiative Grenoble Institut de Recherche sur le Cancer regroupe les équipes du CNRS, CEA, INSERM et de l’Université Joseph Fourier qui constituent l’Institut Albert Bonniot (IAB), le Grenoble Institut des Neurosciences (GIN) et l’Institut de Recherche en Technologies et Sciences du Vivant (iRSTV). Les équipes universitaires associées au CNRS et à l’INSERM qui sont localisées à Clermont-Ferrand se trouvent rassemblées dans le laboratoire de « Génétique, Reproduction et Développement ». A ces structures nationales, il faut associer le « Centre International de Recherche sur le Cancer » qui, sous les auspices de l’Union Européenne, mène des travaux en synergie avec les équipes de la région.

Parallèlement, les tutelles universitaires et hospitalières ont structuré les principaux axes de recherche autour de campus associant recherche, enseignement et activité médicale. Ainsi, l’ensemble des équipes de recherche sur le cancer se positionne en proximité des centres de soins comme le Centre Léon Bérard et les Hospices Civils à Lyon, ou les Centres Hospitalo-Universitaires de Grenoble, Clermont et Saint-Etienne.

Au total, le développement de la recherche en cancérologie dans la Région Rhône-Alpes est illustré par le poids important de sa production scientifique en termes de publications, de dépôts de brevets et de création d’entreprises dans le secteur de la santé. En particulier, Lyon se situe ainsi en deuxième position au niveau national derrière Paris, et en cinquième position au niveau européen. L’importance de cette thématique en fait, sans ambiguïté, l’un des axes prioritaires de l’ARC « Santé ».

Axe 3 – Nutrition pour la santé

Le paysage de la recherche en nutrition est en plein changement avec des enjeux sociétaux majeurs compte tenu de l’épidémiologie des maladies de la nutrition, tant du point de vue de la surnutrition que de la dénutrition, notamment dans les maladies chroniques et au cours du vieillissement.

L’objectif est qu’à moyen terme tous les Européens aient la motivation, la capacité et l’opportunité de consommer une alimentation variée et d’avoir un niveau d’activité physique satisfaisant pour permettre une diminution significative des maladies liées à la nutrition.

Les recherches effectuées dans l’axe « Nutrition pour la santé » concourent à cet objectif grâce à des approches multidisciplinaires coordonnées et, de ce fait, s’intègrent pleinement dans les objectifs de l’ARC “Santé”.

La région Rhône-Alpes joue un rôle de premier plan de part ses acteurs très impliqués dans la nutrition, à la fois sur le plan fondamental avec d’importante équipes de recherche reconnues et sur le plan de la recherche clinique avec le Centre de Recherche en Nutrition Humaine (CRNH) Rhône-Alpes, les modifications du comportement alimentaire comprenant des actions expérimentales en vie réelle grâce au centre de recherche de l’Institut Paul Bocuse, le cluster économique « Patrimoine gastronomique et manger bien » et les liens avec les départements des Sciences Humaines et sociales de l’ENS et de Lyon II.

Le projet CENS (Centre Européen de Nutrition pour la Santé) a reçu le soutien des 3 collectivités locales (Grand Lyon, Région Rhône-Alpes, Conseil Général du Rhône) pour la construction d’un bâtiment permettant de rassembler en un même lieu, recherche fondamentale,

recherche clinique et laboratoire de spectrométrie de masse, d’augmenter le nombre de lits de recherche clinique (de 2 à 10), d’augmenter la surface de recherche

fondamentale, d’avoir des espaces libres pour l’accueil temporaire d’équipes publiques ou privées souhaitant bénéficier de l’infrastructure, d’avoir des espaces dédiés à la formation en nutrition.

Au-delà de l’aspect purement bâti, le CENS a la volonté de regrouper l’ensemble de l’offre de recherche de la région Rhône-Alpes pour permettre de proposer aux chercheurs des facilités dans la réalisation de leurs travaux et une plus grande lisibilité.

Axe 4 – Molécules bioactives

A l’interface entre la chimie et la biologie, l’étude des molécules bioactives contribue à élucider les mécanismes fonctionnels biologiques, à définir des cibles thérapeutiques, à identifier et concevoir de nouvelles molécules actives d’intérêt thérapeutique, à maîtriser leur vectorisation et à concevoir des outils de diagnostic et d’imagerie. La complexité des molécules et biomolécules destinées au diagnostic et aux traitements nécessite de nouvelles approches scientifiques associant chimie, biochimie, analyse, pharmacologie et nanotechnologies.

Le besoin de nouveaux médicaments plus actifs et plus sélectifs a conduit à de nouvelles technologies dans le secteur pharmaceutique. La génomique, le criblage à grande échelle, la conception combinatoire et la miniaturisation des procédés ont ouvert des perspectives novatrices. Ce potentiel d’innovation ne sera pleinement exploité que si des molécules sont conçues et sélectionnées pour agir spécifiquement sur leurs cibles (macromolécules biologiques et leurs interactions).

La chimie permet de développer des molécules actives à partir de données de la biologie structurale et de la compréhension du fonctionnement de certains mécanismes cellulaires et métaboliques. La compréhension du fonctionnement de la membrane biologique, lieu d’échange à l’intérieur de la cellule et entre le milieu intracellulaire, est un point clé pour le développement de nouvelles cibles thérapeutiques.

Par ailleurs, de nombreux agents pathogènes, responsables d’infections humaines et vétérinaires, possèdent des protéines, des voies métaboliques ou des structures subcellulaires typiquement végétales. La plante représente ainsi un système d’identification et de production de cibles thérapeutiques. Au demeurant, le monde végétal constitue un réservoir considérable de principes actifs utilisés depuis des millénaires de manière le plus souvent empirique. Le développement récent d’outils d’investigation analytiques, complétés par les moyens de traitement biostatistique et bioinformatique des données, permet maintenant de caractériser la chimiobiodiversité et les bioactivités.

Au total, les établissements de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche de la Région Rhône-Alpes et leurs divers partenaires impliqués dans l’étude des molécules bioactives représentent un potentiel très important et souhaitent s’investir fortement dans la nouvelle structuration régionale ARC « Santé ».

Axe 5 – Bioinformatique

La bioinformatique est une « interdiscipline » à la frontière de la biologie, de l’informatique et des mathématiques. Les systèmes biologiques sont très complexes et les techniques modernes fournissent une vaste quantité de données expérimentales.

Le but de la bioinformatique est d’intégrer les données très diverses pour modéliser les systèmes vivants afin de comprendre et prédire leurs comportements (biologie systémique ou biologie des systèmes), en particulier dans le domaine de la Santé.

Ainsi, à titre d’exemple, le séquençage à très haut débit offre la possibilité de connaître de manière personnalisée le génome de chacun. Pour tirer le bénéfice de cette connaissance et fournir une médecine personnalisée selon la règle des 4 P (Prédiction, Personnalisation, Prévention, Participation), il faut développer et appliquer de nouvelles méthodes d’analyse bioinformatique qui permettent d’extraire l’information utile cachée dans la séquence.

La bioinformatique est donc étroitement couplée à ses applications. Bon nombre de bioinformaticiens travaillent dans des laboratoires pas formellement estampillés « bioinformatique ». La recherche en bioinformatique et modélisation procède selon un cercle vertueux:

1) La biologie est productrice de données à large échelle (séquences, structures, images biologiques), expériences, robots d’acquisition et modèles à tester

2) La structuration des données : collecte automatisée, standardisation (vocabulaire contrôlé ou ontologie), bases de données.

3) Extraction d’information: concevoir de nouvelles méthodes informatiques pour extraire de l’information pertinente des données hétérogènes, entachées d’erreurs et en constante évolution (volume et nouveaux types de données émergents)

4) Intégration de nouvelles méthodes et données pour qu’elles deviennent des outils de biologistes.

5) De nouvelles hypothèses (ou modèles) seront produites et soumises à l’expérimentation.

Axe 6 – Sciences humaines, économiques et sociales en santé

L’Axe “Sciences Humaines, Economiques et Sociales en Santé (SHESS)” mobilisera les équipes de recherche de la Région afin :

1. d’analyser les facteurs économiques, sociaux et sociétaux d’émergence et de traitement des maladies (cancer et maladies infectieuses notamment) ainsi que de leur prévention (vaccins, dépistage),

2. d’identifier les perceptions des patients sur les pathologies (et leurs conséquences) ainsi que sur les stratégies de soins (et leurs conséquences), et répondre à leurs besoins et, plus largement, à ceux des usagers, répondant ainsi à la demande sociale,

3. d’aider les professionnels de santé (offreurs de soins, industriels de la santé), les assureurs, les financeurs et les décideurs à mieux cerner les conséquences et enjeux au niveau individuel et collectif des pathologies étudiées et, ainsi, de proposer les stratégies et modes d’organisation les mieux adaptés aux besoins de la population,

4. de créer les outils méthodologiques et techniques permettant une modélisation des comportements des acteurs du système de santé en vue d’aider les décideurs du domaine.

En se basant sur les connaissances épidémiologiques, celles-ci apportant les bases indispensables à l’étude de la répartition et des déterminants des pathologies étudiées, les sciences humaines, économiques et sociales s’articulent autour des apports de la psychologie, de l’économie, du droit, de la sociologie, de l’anthropologie, de la philosophie, de l’éthique, de la gestion et des sciences politiques.

Leur objectif est l’étude des environnements politiques, géopolitiques et socio-culturels, des contextes psychosociaux avec une attention particulière portée à la problématique des inégalités sociales, ainsi que des jeux d’interactions et d’intersubjectivité au sein desquels sont déterminés les connaissances et les comportements des acteurs (patients/usagers, professionnels de santé et décideurs).

Au moyen d’études appliquées et dans la perspective de la complémentarité méthodologique, cet axe visera à favoriser les interrelations dynamiques entre les différents domaines afin que les patients, les professionnels de santé et les décideurs bénéficient de l’ensemble des connaissances articulées et puissent ensuite les mettre en œuvre dans leur champ d’action respectif (sous forme de pratiques, outils, résultats d’évaluation, nouvelles formes d’organisation de la production, dispositifs de restitution, d’évaluation participative, d’éducation à la santé, de démarches interventionnelles ) .